Por Pedro Loria Trejo.

Los conquistadores españoles, al pasar por nuestras costas encontraron las bocas de entrada de agua, que se encuentran frente al puerto de San Felipe y teniendo necesidad de proveerse de agua buena para tomar y creyendo que se trataba de un río, decidieron explorarlo, pero a medida que avanzaban hacia el interior se dieron cuenta de la gran cantidad de lagartos  que había en este lugar, y ese fué el motivo por el que lo llamaron Estero de los Lagartos. Así lo relata en su Historia Verdadera de la Conquista de la Nueva España el cronista y soldado Don Bernal Diaz del Castillo quién acompañó a Don Francisco Hernandez de Córdoba, capitán de una expedición que salió de la isla de Cuba en 1517 con el propósito de descubrir nuevas tierras. El nombre se refería desde luego al Estero y no al puerto de Rio Lagartos, pues los puertos de esta región todavía no hacían su aparición, tan solo estaban habitados por numerosas aves, peces,lagartos,venados,etc.
Don Luis Ramirez , investigador de la vida y costumbres de los Mayas de aquel lugar, menciona que no fué asiento de ninguna población precortesiana ya que por sus características, se le puede considerar a Emal un asiento maya. esto demuestra que los Mayas no eran afectos a vivir cerca del mar, Emal fue posiblemente un adoratorio.
Don Willian Brito Sansores filologo mayista, menciona que durante la Colonia, el jefe político de Valladolid, cuyo dominio se extendía por todo el oriente de la península de yucatán, enviaba cada 3 meses un destacamento de 25 hombres solteros a cuidar las costas de la región asediados en aquella epoca por los piratas ingleses, y que estos vigilantes escogieron para acompañar un lugar al que los Mayas acudían en busca de sal y pescado y al que llamaban Hol-Ko-Ben, por sus características geograficas y en el lugar asaban y salaban el pescado que destinaban en los diferentes poblaciones de la región. Hol-Ko-Ben (Hol= puerta,agujero,hoyo. Koben= cocina.)
La configuración geográfica de HolKoBen (Rio Lagartos), para estas fechas era de un Islote de forma triangular en donde los vigilantes enviados por el alcalde mayor de Valladolid construyeron una Atalaya desde donde se podía ver la costa y percatarse de la presencia de barcos enemigos. Pocos años después edificaron un fuerte dotado de seis cañones para defenderse de los ataques de la piratería. Estas construcciones fueron destruidas durante la guerra de castas.
La mención que hace el historiador Juan de Dios Perez Galaz en su libro "Espita Ensayo Histórico y Geografico" de los Atalayeros o vigías de la Atalaya, nos permiten afirmar que dicha construcción existió en el centro de la población, en donde había un empedrado de forma circular, semejando cuatro bancas curvas en cuyo centro había un pozo entubado con un bomba de palanca.
Ya en el año 1939 donde estuvo la Atalaya( donde está hoy la "glorieta") .
Terminada la construcción del fuerte por un grupo de 25 personas, que vigilaban la costa, todos ellos vecinos de Valladolid y todos solteros, le enviaron una carta de protesta al Gobernador dela Luna y Arellano para que en vez de solteros enviaran hombres casados, para que en union de familiares se trasladaran al Fuerte de HolKoBen a prestar servicio militar. Como el fuerte resultó insuficiente para albergar a todos los familiares, se vieron en la necesidad de construir las primeras viviendas de HolKoben; dichas viviendas se hicieron dentro la Ría a manera de palafitos de la epoca prehistórica. Estos cambios dentro del fuerte permitió la aparición de la agricultura , cultivaron maíz y frijol, criado de ganado y aves. Se construyeron Cayucos para la pesca. Todo esto arraigó mas a la gente en este lugar y obligó a solicitar al mandatario de Valladolid permiso para colonizar aquel lugar, sin dejar de prestar sus servicio militar y que solo regresaran a la Villa cada 6 meses a los que lo deseaban, apareciendo así los primeros pobladores de Rio Lagartos.