El 26 de Junio de 1979 fuè el primer decreto para proteger la zona de anidaciòn del flamenco rosa,cocodrilos,aves,tortugas,etc. y se declara  AREA NATURAL PROTEGIDA con decreto como Zona de Refugio Faunìstico Rìa Lagartos (47,800 ha.).

Y el 21 de Mayo de 1999 se le asigna la categorìa de RESERVA EPECIAL DE LA BIOSFERA (60,350 ha). 

En el año 2000 se crea la SEMARNAT y su organo desconcentrado la Comision de Areas Naturales Protegidas CONANP, que es la que administra por decreto federal la Reserva de la Biosfera.

Las playas de Rio Lagartos, estàn incluidas desde el 29 de Octubre 1986 como Zona de Reserva y Sitio de Refugio para la protecciòn de las Tortugas Marinas, con categorìa de Santuarios (Santuarios: areas caracterizadas por una considerable riqueza de flora y fauna y presencia de especies o hàbitat de distribuiciòn restringida).

CONSERVACION INTERNACIONAL y la CONVENCION DE RANSAR, señalan a Rio Lagartos como humedal prioritario, por ser un sistema complejo de pequeños estuarios, lagunas costeras hipersalinos, manglares y una barra de dunas de arena.

Es reconocida tambièn como Area de Importancia para la Conservaciòn de las Aves, debido a que conforman un importante habitat de aves palustres (lagunas y pantanos) y marinas.

Es el principal zona de anidaciòn del Flamenco Rosa del Caribe y el unico sitio de anidaciòn en la penìnsula de Yucatàn. Se reproducen mas de 280 especies de aves.

Tambièn Rio Lagartos, està incluida en la Regiò Marina Prioritaria G2 (Dzilan- Contoy). Tiene relevancia como zona de migraciòn, reproducciòn, anidaciòn, crecimiento y refugio de aves, crustàceos (langosta y camaròn) y peces; y es de importancia ecològica por presentar ecosistemas de sostenimiento para muchos organismos.

Forma parte de la regiòn Hidrològica Prioritaria 102 ( Anillos de Cenotes )